¿Qué hizo que una variante dominara sobre otra en la primera etapa de la pandemia? En Las variantes que desaparecen: lecciones de Gamma, Iota y Mu científicos que continuaron investigando estas mutaciones sostienen que el contexto importa. Si antes la mayor transmisibilidad fue clave, hoy variantes con mayor capacidad de evadir la inmunidad deberían tener ventaja. Compartimos el reportaje del New York Times:
A principios de 2021, científicos en Colombia encontraron una nueva variante. Bautizada como Mu, tenía varias mutaciones preocupantes que los expertos creían que podrían ayudarla a evadir las defensas del sistema inmunológico.
En los próximos meses, Mu se propagó rápidamente en Colombia, alimentando una nueva oleada de casos de Covid-19. A fines de agosto, se había detectado en docenas de países y la Organización Mundial de la Salud la había designado como una “variante del interés”.
“Mu estaba comenzando a hacer algo de ruido a nivel mundial”, dijo Joseph Fauver, epidemiólogo genómico del Centro Médico de la Facultad de Medicina de Nebraska y creador de un estudio reciente sobre la variante.
Después de lo cual se esfumó. Por el momento, la variante ha desaparecido por completo.
Por cada Delta u Ómicron hay una Gamma, Iota o Mu, variantes que impulsaron oleadas nativas pero que nunca alcanzaron el dominio mundial. Y si bien comprender a Ómicron sigue siendo una prioridad fundamental para la salud pública, hay lecciones que se pueden aprender a partir de estos linajes menores, dicen los expertos.
“Este virus no tiene ningún incentivo para dejar de adaptarse y evolucionar”, dijo Joel Wertheim, epidemiólogo molecular de la Universidad de California en San Diego. “Y ver cómo lo hizo anteriormente nos ayudará a prepararnos para lo que podría hacer en el futuro”.
La investigación reveló claras brechas de vigilancia genómica y errores de política de control, ofreciendo más pruebas de que las prohibiciones de viajes internacionales de Estados Unidos no fueron eficientes. Y también y sobre lo que hace que el virus sea exitoso, sugiriendo que en la primera parte de la pandemia, la transmisibilidad era más necesaria que la evasión inmune.
El análisis también destaca cuánto importa el contexto; variantes que hacen efecto en algunos lugares no se expanden en otros. Debido a esto, predecir qué variantes surgirán como dominantes es difícil, y mantenerse al tanto de futuras variantes y patógenos requeriría una vigilancia completa, casi en tiempo real.
“Haremos muchas cosas si nos fijamos en la secuencia genómica viral y decimos: 'Este podría ser peor que otro'”, dijo el Dr. Wertheim. “Pero la única forma de saberlo realmente es observar cómo se desarrolla, porque hay muchas variantes potencialmente dañinas que no se mantuvieron”.
Mirando a Mu
El coronavirus cambia constantemente, y la mayoría de las variantes nuevas nunca se ven ni se nombran. Pero otras aumentan las alarmas, ya sea porque pronto se vuelven más comunes o porque sus genomas se ven siniestros.
Ambas situaciones eran ciertas para Mu a medida que se extendía en Colombia. “Contenía algunas mutaciones que la gente había estado observando con mucha atención”, dijo Mary Petrone, epidemióloga genómica de la Universidad de Sydney y autora del nuevo artículo Mu. Varias de las mutaciones en su proteína espiga se documentaron en otras variantes inmunes evasivas, incluidas Beta y Gamma.
En el nuevo estudio, que aún no se ha publicado en una revista científica, los científicos compararon las características orgánicas de Mu con las de Alfa, Beta, Delta, Gamma y el virus original. Descubrieron que Mu no se replicaba más rápido que las otras variante, pero probablemente era la más inmuno-evasiva del grupo, más resistente a los anticuerpos que cualquier variante conocida además de Ómicron, dijo el Dr. Fauver.
Al analizar las secuencias genómicas de las muestras de Mu recolectadas en todo el mundo, los investigadores reconstruyeron el desarrollo de la variante. Llegaron a la conclusión de que Mu aparentemente había surgido en América del Sur a mediados de 2020. Luego circuló durante meses antes de ser detectado.
La vigilancia genómica en muchas partes de América del Sur fue "irregular e incompleta", dijo Jesse Bloom, experto en evolución viral en el Centro de Análisis de Cáncer Fred Hutchinson en Seattle. "Si hubiera habido una mayor vigilancia en estas regiones, probablemente podría haber sido más sencillo hacer una evaluación más rápida de cuan preocupante era Mu".
Mu también ofreció otro problema. Ocurrió que tenía un tipo de mutación, generalmente conocida como mutación de cambio de marco (la región codificadora del gen que corresponde al marco de lectura se corrió), que era poco común en las muestras de coronavirus. Tales mutaciones se marcaron como errores cuando los científicos, junto con el Dr. Fauver, intentaron agregar sus secuencias Mu a GISAID, la base de datos global de genomas virales que se utiliza para controlar nuevas variantes.
Esa complicación creó retrasos en el intercambio público de secuencias Mu. El tiempo que transcurrió entre el momento en que se recopiló un patrón de virus de una persona afectada y el momento en que se puso a disposición del público en GISAID fue persistentemente más largo para los casos de Mu que para los casos de Delta, descubrieron los investigadores.
“El genoma en sí estaba principalmente creando brechas sintéticas de vigilancia”, dijo el Dr. Fauver. “Resultó, al menos en nuestra experiencia, en que no difundimos información durante semanas cuando generalmente intentamos hacerlo en días”.
(Los programas de control de calidad de GISAID son necesarios, enfatizan los investigadores y el repositorio ha solucionado el problema).
Combine estos vacíos de vigilancia con la evasión inmune de Mu y la variante parecía estar lista para despegar. Sin embargo, eso no es lo que ocurrió. En cambio, Mu irradió desde América del Sur y Centroamérica a otros continentes, pero no fluyó mucho una vez que llegó allí, descubrieron los científicos. “Esa fue una señal de que esta variante no era tan compatible posiblemente en las poblaciones de América del Norte y Europa como habíamos anticipado”, dijo la Dra. Petrone.
Aparentemente, eso se debió a que Mu se encontró compitiendo con una variante mucho más formidable: Delta. Delta no era tan experta en esquivar anticuerpos como Mu, pero era más transmisible. “Entonces, a continuación, Delta se expande más ampliamente”, dijo el Dr. Bloom.
Variante adecuada, tiempo adecuado
Aprender de variantes exitosas solo cuenta la mitad de la historia. “Las variantes que no resultan dominantes son, en cierto modo, controles desfavorables”, dijo la Dra. Petrone. “Nos dicen lo que no funcionó y, al hacerlo, ayudan a llenar los vacíos de información sobre la salud de las variantes”.
Delta superó una serie de variantes inmuno-evasivas además de Mu, junto con Beta, Gamma y Lambda. Este patrón sugiere que la evasión inmune por sí sola no fue suficiente para permitir que una variante superara a una versión extremadamente transmisible del virus, o al menos no lo fue durante la primera parte de la pandemia, cuando pocas personas tenían inmunidad.
Sin embargo, las vacunas y varias oleadas de infección han modificado el panorama inmunitario. Una variante extremadamente inmuno-evasiva ahora debería tener una ventaja adicional, dijeron los científicos, lo que probablemente sea parte de la razón por la que Omicron ha sido tan exitosa.
Otro reciente estudio indica que en la ciudad de Nueva York, la variante inmune-evasiva Gamma tendía a funcionar mejor en vecindarios con mayores niveles de inmunidad preexistente, en algunos casos porque se vieron afectados por la primera ola de Covid. "No podemos ver una nueva variante en el vacío, porque surge a la sombra de todas las variantes que llegaron antes", dijo el Dr. Wertheim, autor del estudio.
Ciertamente, el conflicto de variantes anterior revela que el éxito es sumamente dependiente del contexto. Por ejemplo, la ciudad de Nueva York podría haber sido el lugar de nacimiento de la variante Iota, que se detectó por primera vez en muestras de virus recolectadas en noviembre de 2020. “Y así se afianzó desde el principio”, dijo la Dra. Petrone. Incluso después de la llegada de la variante Alpha más transmisible, Iota siguió siendo la variante dominante de la ciudad durante meses, antes de desaparecer finalmente.
Pero en Connecticut, donde Iota y Alpha aparecieron en enero de 2021, las cosas se desarrollaron de manera diferente. “Alpha simplemente despegó de inmediato, e Iota no tuvo oportunidad”, dijo la Dra. Petrone, quien dirigió un estudio de las variantes en las dos regiones.
Un patrón similar ya está comenzando a desarrollarse con varios linajes de Omicron. En los EE. UU., BA.2.12.1, una subvariante reconocida por primera vez en Nueva York, ha despegado, mientras que en Sudáfrica, BA.4 y BA.5 están impulsando un nuevo aumento.
Esa es una razón más para revisar las variantes que disminuyeron, dijo Sarah Otto, bióloga evolutiva de la Universidad de Columbia Británica. Una variante que no coincidía bien en un momento y lugar determinados podría despegar en otro. Ciertamente, la desgracia de Mu puede haber sido simplemente que surgió demasiado rápido. “No habría suficientes personas que tuvieran inmunidad para esencialmente darle un empujón a esa variante”, dijo el Dr. Otto.
Pero la próxima variante de preocupación podría ser un descendiente, o algo así, un linaje inmune-evasivo que nunca se arraigó del todo, dijo.
Observar el desarrollo de las variantes anteriores también puede brindar una percepción de lo que funcionó, o no, para contenerlas. El nuevo estudio de Gamma ofrece más pruebas de que es poco probable que las prohibiciones de viaje en todo el mundo, al menos como se implementó EE.UU., eviten la propagación global de una variante.
Gamma se detectó por primera vez en Brasil a fines de 2020. En mayo de ese año, EE. UU. prohibió a la mayoría de los residentes no estadounidenses viajar al país desde Brasil, una restricción que permaneció vigente hasta noviembre de 2021. Pero Gamma se detectó en EE. UU. en enero de 2021 y pronto se extenderá a docenas de estados.
Debido a que Gamma nunca llegó a dominar en todo el mundo, conocer su propagación ofreció una imagen "más clara" de la eficacia de las prohibiciones de viaje, dijo Tetyana Vasylyeva, epidemióloga molecular de la Universidad de California en San Diego y autora del estudio.
“Cuando se trata de variantes de aprendizaje como, digamos, Delta, algo que ha provocado un brote significativo en ambos lugares, a veces es difícil encontrar patrones, porque ocurre a una escala muy grande y muy rápido. ” mencionó.
En una emergencia de salud mundial en curso, con un virus que cambia rápidamente, puede haber un impulso comprensible de concentrarse en el largo plazo, dijo el Dr. Fauver. Y debido a que la atención del mundo se centró en Delta, y luego en Omicron, él y sus colegas decidieron si continuar o no con su estudio de los datos antiguos de Mu.
“Habíamos estado como, '¿A alguien le importa más Mu?'”, recordó el Dr. Fauver. "Sin embargo, esperamos que todavía haya espacio para investigaciones de alta calidad que hagan preguntas sobre variantes anteriores de preocupación e intenten revisar lo que sucedió".
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