Para detectar oportunamente la aparición de las variantes genéticas del SARS-CoV-2 y controlar su propagación, muchos países han robustecido sus planes de vigilancia genómica. La Comisión Europea insta a sus estados miembros a alcanzar al menos 5% - y preferiblemente el 10% - de capacidad de secuenciación de las pruebas PCR positivas.
Desde el 10 enero a la fecha, nuestro país registra 3.688 secuencias en la plataforma GISAID, 0,2% de capacidad de secuenciación de las pruebas PCR positivas.
Para dimensionar qué significa la actual capacidad, aplicamos esta cifra a la principal puerta de entrada del virus y sus variantes, el aeropuerto AMB.
Según las estadísticas de la Junta Aeronáutica Civil, se registran 10.522 aterrizajes y despegues de vuelos internacionales entre enero y mayo de 2021, transportando en el mismo período a 625.924 pasajeros totales.
Sólo en mayo de 2021 se movilizaron 33.414 pasajeros internacionales, 273,7% más que en el mismo mes de 2020. Considerando sólo la mitad de los viajeros como ingresos, tenemos 16.707, y si todos hubieran resultado con PCR positivo en el testeo en el aeropuerto, las muestras de 33 pasajeros habrían sido secuenciadas para revelar si portaban o no alguna de las variantes.
En Chile también se han hecho anuncios sobre robustecer la vigilancia genómica con una red de universidades, sociedades científicas y laboratorios que puedan colaborar con el Instituto de Salud Pública, que realiza la gran mayoría de las secuencias del virus.
El 22 de diciembre de 2020, un día después que ingresó la variante británica o Alfa en un vuelo internacional, se presentó oficialmente un consorcio encabezado por el Ministerio de Ciencia (CTCI), que debía planificar y coordinar la vigilancia genómica.
“El objetivo es que a través de esta coordinación podamos establecer un programa de vigilancia dentro de las próximas semanas que aporte de manera significativa a la caracterización genética del virus”, dijo el Ministro Andrés Couve en esa ocasión.
En realidad pasaron 18 semanas. El 27 abril, cuatro días después de que se reconoció a la variante andina como un nuevo linaje presente en especialmente en Chile y Perú, se creó el Programa de Vigilancia Genómica, a través del decreto exento 403 del Ministerio de Salud. Con ello se liberaron recursos y se crearon mecanismos para contratar a instituciones académicas y privadas, que apoyaran el trabajo de secuenciación.
El pasado 17 de junio, 13 días después de que la temida variante Delta ingresó a Chile nuevamente a través del aeropuerto, se creó la “Comisión Asesora Ministerial Científica para el establecimiento de un sistema de vigilancia genómica COVID-19” a través del decreto 10 del CTCI.
Con todas estas iniciativas y decretos, el peso del estudio genético del virus continúa recayendo en el ISP. Por problemas administrativos y del mecanismo de financiamiento la red de vigilancia genómica continúa en pausa.
“A pesar de la urgencia del problema que representa la insuficiente vigilancia genómica del virus SARS-CoV-2, no ha habido a la fecha una solución que incorpore las capacidades instaladas en el país para que se sumen al esfuerzo que hace el ISP en esta materia. Además, la modalidad de financiamiento que se implementó para suplir esta deficiencia presenta problemas prácticos que hacen inviable la participación de un número significativo de universidades y centros de investigación, sobre todo regionales”, se lee en la propuesta Reforzamiento de la Red Universitaria de Vigilancia Genómica presentada por la Sociedad de Microbiología de Chile (SOMICH) y otros académicos a la Mesa Técnica Fondo de Salud Extraordinario que se discute en la Cámara de Diputados, hace una semana.
En esa línea el ex seremi y coordinador general de la Mesa Técnica Francisco Álvarez, señaló que “hemos visto como un grupo de investigadores ha propuesto en la mesa que se tiene que fortalecer la vigilancia genómica, no tan solo en los recursos necesarios para poder realizar y alcanzar estándares internacionales, sino que también medir su impacto.
Vemos como Europa avanza en esta materia, y también a países vecinos como Uruguay, donde inauguraron recientemente un centro de innovación de vigilancia epidemiológica, para fortalecer la vigilancia genómica y además medir el impacto de las nuevas variantes".
Eso es muy importante, explica Álvarez, porque potenciará el análisis de las variantes de origen y distribución principalmente local. Los países con vigilancia genómica fuerte en Europa o Asia investigan aquellas que les afectan directamente, no así las variantes que hasta ahora se encuentran de manera predominante en América Latina.
"El mejor ejemplo es la variante C37 o Andina, de la cual se tiene muy poca información, siendo una de las variantes predominantes de nuestro país. La propuesta de la mesa técnica también van en la línea de fortalecer el testeo en las puertas de entradas como aeropuertos o pasos fronterizos terrestres, como el testeo rápido como test de antígenos o de saliva, o técnicas de PCR que permitan tener resultados en el menor tiempo posible".
Ello debido a que el diagnóstico de la mesa técnica es que, además de que la vigilancia es insuficiente en cantidad y cobertura, también lo es en oportunidad pues las secuencias pueden tardar semanas en estar disponibles en las bases de datos públicas.
"Es necesario trazar de forma temprana, primero a aquellas personas que pudiese tener COVID-19 y no lo saben, y por otra poder secuenciar a las personas con COVID-19 confirmadas en los accesos, para evitar la transmisión y circulación de variantes de interés que pueden tener un profundo impacto en la salud pública” dice Francisco Álvarez.
Es por ello que la propuesta de la mesa técnica aborda desde protocolos integrados hasta el cálculo de presupuesto para generar 1.500 genomas mensuales durante un semestre. El objetivo es quintuplicar las secuencias para llegar al 1% de los PCR positivos. Un tema urgente, que continúa en discusión.
Escrito por Lucía Escobar
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